二条駅は、京都府京都市中京区西ノ京栂尾町（にしのきょうとがのおちょう）にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）・京都市交通局（京都市営地下鉄）の駅です。京都市営地下鉄との連絡駅で、市街地中心には京都駅経由より時間短縮となるため、ラッシュ時を中心に利用客が多く、特急列車も停車します。二条城が至近にありますが、駅前の様子なども観光駅然とはしていません。
従来のJR駅は東の千本通側のみの出入り口であったが、地下鉄東西線開通および山陰本線（嵯峨野線）の高架化以降は西側も整備され、近年は西口にも路線バスやタクシーが乗り入れている。また、駅周辺は京都市の副都心となりつつある。最寄りのバス停は、駅西口ロータリにある二条駅西口と駅東側の千本通にある二条駅前がある。京都市交通局（市バス）・京都バス・西日本JRバスなどの各社が運行しています。
駅前には円山公園の枝垂桜三代目が植えられています。千本通が駅東側を南北に走る。また、東西方向の御池通は当駅で分断されており、自動車はいったん駅北寄り高架下の押小路通を迂回し御池通に戻る線形になっている。駅東側は千本通、御池通沿いを中心に多くの商店がある。西側は西大路通に至るまで住宅地と中小の工場の密集地帯である。駅の北西に二条自動車教習所がある。隣の円町駅までは、山陰本線高架化に伴う道路整備により、側道を歩いて行くことができる。（山陰本線の高架化並びに御池通の拡張が行われるまで東西方向への移動の為には駅を大きく迂回する必要があり北は旧二条通、南は三条通まで迂回が必要であった。高架化が完了するまで千本三条交差点の西側は線路の下をくぐるアンダーパスであったが現在は埋め戻されて三条通は平坦化している。）神泉苑・二条城および中京区総合庁舎（区役所）は徒歩圏内にあるが、地下鉄利用の場合は隣の駅である二条城前駅からのほうが近い。
JR西日本の山陰本線（「嵯峨野線」の愛称区間に含まれている）、京都市交通局の京都市営地下鉄東西線の2路線が乗り入れ、接続駅となっている。地下鉄の駅には「T15」の駅番号が与えられている。
JR西日本の駅は、特急列車を含む全列車が停車する。また、特定都区市内制度における「京都市内」エリアに属する。
JR西日本の駅では指定席券売機も設置されICOCAの、地下鉄の駅ではPiTaPaと「スルッとKANSAI」対応各種カード、「トラフィカ京カード」の利用エリアにそれぞれ含まれています。
島式ホーム1面2線を有する高架駅です。2010年1月に丹波口駅までの複線化が完成したことにより、分岐器や絶対信号機がない停留所となった。直営駅（亀岡駅の被管理駅）。
駅舎設計は浦辺設計が担当し、屋根は大きな木造トラスで覆われたデザインとなっている。このデザインは以前の駅舎との対比を含めて賛否両論ありますが、1997年度にグッドデザイン賞を受賞しました。ホーム上からは、遠く比叡山なども見渡すことが出来る。高架駅化される前は東の千本通側からしか駅に入ることができなかったが、現在は東西両方向に出入口が設けられており、乗降客以外の往来も可能であることから歩行者用自由通路としても機能しています。
改札口に出場専用の改札機は3台。改札口からホームへは階段が2本、エレベーターが1本、上りエスカレータが1本通じています。また、改札口の前にはキヨスク・ハートインがあります。また、ホームには待合室・自動販売機がありますが、売店はありません。トイレは改札内の地上北側にあり、男女別・車椅子対応です。
JR二条駅プラットホーム
ホーム 路線 方向 行先
1 ■嵯峨野線 上り 京都方面
2 ■嵯峨野線 下り 亀岡・園部・福知山方面
木製ドームはホーム全体は覆うに至らず、両端部分は野ざらしとなっています。
JR駅の地上駅時代にあった木造駅舎は、荘厳な社寺を彷彿とさせる造りや貴賓室も設置された立派な駅舎として全国的に知られていた。
建築当時は京都鉄道の本社を兼ねており、建築家の伊東忠太によって手掛けられたものである。京都鉄道社長田中源太郎によれば、当初はレンガ造りの計画だったが、二条城に近いので景観に配慮して和風建築に改めることにし、日本鉄道(東北本線)宇都宮駅の駅舎が優美であったため同社に種々問い合わせを行い模範としたという。
二条 - 花園間の高架化事業に伴う仮線の設置に支障するため1990年10月、木造駅舎の建物を東側に15m移動させる曳家工事が行われ、約300トンの建物を2日間掛けて移動させた。その後、高架化工事中の仮駅舎として使用が続けられたが1996年、高架化工事および新駅舎の完成に伴って駅舎としての役割を終えた。明治期の和風駅舎建築として唯一の残存例であり、京都の近代化を象徴する建物でもあることから1996年4月1日、京都市指定有形文化財に指定され、幅を縮小して梅小路蒸気機関車館に移築されている。
かつては現役最古の駅舎とされ、近年でもそう言われる事がある[19]が、これは誤りである。現存最古の駅舎は1882年(明治15年)築の旧長浜駅であるほか、現役最古の駅舎は1886年（明治19年）築の亀崎駅（異説もある）とされる。また、1980年代から1996年までの駅スタンプ(わたしの旅)は「入母屋造りの日本最古の駅」と書かれ、「国鉄で一番」を示す黒六角形のものであったが、二条駅より前に建てられた入母屋造りの駅舎は建部駅など数多く現存している。
1897年（明治30年）
2月15日 - 京都鉄道の当駅 - 嵯峨駅間の開通と同時に開業する。
4月27日 - 京都鉄道の大宮駅 - 当駅間が開通する。
1904年（明治37年）6月 - 京都鉄道本社屋を兼ねた駅舎が完成する。
1907年（明治40年）8月1日 - 京都鉄道が国有化される。
1909年（明治42年）10月12日 - 線路名称が制定され、京都線の所属となる。
1912年（明治45年）
3月1日 - 線路名称が改定され、京都線が山陰本線に編入されるとともに当駅もその所属となる。
6月11日 - 京都市電千本線壬生車庫前 - 千本丸太町間開業に伴い、二条駅前停留所を設置。
1972年（昭和47年）1月23日 - 京都市電千本線の廃止に伴い、二条駅前停留所廃止。
1987年（昭和62年）4月1日 - 国鉄分割民営化により、西日本旅客鉄道（JR西日本）・日本貨物鉄道（JR貨物）の駅となる。
1990年（平成2年）10月 - 高架化事業に伴い、曳家により駅舎が15m東側に移動される。
1996年（平成8年）3月16日 - 高架駅となる。同時に貨物列車の設定が廃止となる。木造駅舎は後に梅小路蒸気機関車館に移設された。
かつては駅西側には小規模ながら貨物ヤードが存在しており、駅の南側は引込み線として貨車が留置されていたほか、ここから南方へ三条通を越えて日本食糧倉庫や油槽所へ専用線が続いていた。
1997年（平成9年）10月12日 - 【地】京都市営地下鉄東西線の駅が開業。当時は末端の駅だった。
2000年（平成12年）9月23日 - 【JR】当駅 - 花園駅間が複線化される。
2003年（平成15年）11月1日 - 【JR】JR西日本でICカードICOCAの供用を開始する。
2006年（平成18年）4月1日 - 【JR】JR貨物が貨物取扱を廃止する。
2008年（平成20年）1月16日 - 【地】京都市営地下鉄東西線が当駅から太秦天神川駅まで延伸され、途中駅になる。
2010年（平成22年）1月31日 - 【JR】丹波口駅 - 当駅間が複線化されるとともに、交換設備を廃止する。
電報略号 ニテ
駅構造 高架駅
ホーム 1面2線
乗車人員
-統計年度- 12,337人/日（降車客含まず）
-2012年-
開業年月日 1897年（明治30年）2月15日
備考 直営駅
みどりの窓口 有
京 京都市内駅
