普通車（1969年まで二等車）の座席は、海側を3列とした合計横5列配置の輸送力重視型である。
開業以前に二等車（現・普通車）はシルバークラス、一等車（現・グリーン車）はゴールドクラスとする案があったため、モケットはそれに合わせた配色となった。
普通車
当初普通車はその銀色と青色のモケットを張っている転換式座席（W-12、W-70）だったが、1981年以降の新造車両（2000番台）は東北新幹線200系とほぼ同様のオレンジ基調のフリーストップタイプ・回転式簡易リクライニングシート（D-23、D-32）に変更、交換された。
3列側は回転させるスペースがないため、一方向固定（集団見合型との比較アンケートの結果、集団離反型を採用）とされた。残存する在来車も順次同仕様に交換されたが、「こだま」用の編成に組み込まれた車両の中にはJR化後も廃車されるまで転換式のままだったものもある。
この転換式座席と同じ色のモケットが在来線車両の優先座席に使われたことが「シルバーシート」の名称の由来である。また、交換後の転換式座席は、キハ31形など新製費を抑えた在来線車両に再利用される例も多かった。
後年、オレンジ色の D 系シートはJR東海の新幹線待合室に再利用されている。
東海旅客鉄道（JR東海）の「こだま」用Y編成とYK編成の指定席車（9 - 12号車）、西日本旅客鉄道（JR西日本）のSK編成「ウエストひかり」、WR編成の全車は左右それぞれ二人掛けの4列に付け替えられた。
「こだま」用Y・YK編成の4列シートはR-56形を[、「ウエストひかり」用SK編成と「ウエストひかり・こだま」用WR編成のシートはWRK-201形を名乗る。
しかし、ドア位置は以前の3列+2列のままであったため、デッキから車内に入る際の動線がやや屈曲したものとなった。