草津駅は、東海道本線と草津線の分岐駅となっており、米原〜京都間の中間主要駅です。滋賀県草津市渋川一丁目にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）・日本貨物鉄道（JR貨物）の駅です。2011年の駅利用状況はJR西日本の駅の中で第27位で、滋賀県内のJRの駅では最も多い。
当駅以西は複々線区間となります。琵琶湖線の運行ダイヤは日中時間帯は1時間あたり7本が停車し朝晩は本数が多い。草津線の運行ダイヤは日中時間帯は1時間あたり2本が発着し朝晩は京都駅発着も設定されています。現在は、臨時車扱貨物のみを取り扱っており、貨物列車の発着はない。これは一旦廃止された貨物取扱を、国鉄分割民営化直前に将来の貨物取扱再開に備え「開閉期間・取扱範囲は別に定める」として再開させたものです。民営化前の1986年まで旅客駅西口の北側に有蓋車用の貨物ホームが存在しました。
当駅の所属線である東海道本線と、当駅を終点とする草津線が乗り入れている。東海道本線は「琵琶湖線」の路線愛称設定区間に含まれている。草津線の一部の列車は東海道本線の京都方との直通があります。IC乗車カード「ICOCA」の利用エリア内であるが、草津線については貴生川駅を越えての利用が不可能となっている。
島式ホーム3面6線を持つ地上駅。1968年（昭和43年）に緩い勾配の三角屋根を持つ橋上駅に改築され、1970年（昭和45年）に当駅 - 京都駅間複々線化によるホーム増設（5・6番のりば）により現在の形になった。他にホームを持たない線路を上下各1本持ち、回送列車や貨物列車の待避に使用されています。きっぷ売り場に券売機は5台。オープンカウンター式のみどりの窓口に指定席券売機も2台設置されています。
南口には草津宿本陣の関所をイメージした橋上庭園があります。
当駅 - 京都駅間の複々線が完成した時に草津線の線路変更が行われ、東海道本線からの直通草津線上り列車は東海道本線を立体交差で越える構造になった。草津線の旧線路敷は道路に転用されている。
草津線（旧線）分岐点横には草津線用蒸気機関車の転車台・給炭所・給水塔の設備もあった。現在それらの跡地は保守車両基地とマンションになっている。かつては貨物扱いと草津線直通列車の機関車交換作業、操車場機能があり、上下線の外側には側線が残っているが、現在は使用されていない。
草津線を開業した関西鉄道が駅南側に検修庫などを持っていた。使用廃止後も跡地が平成になるまで残っていたが、現在は近鉄百貨店草津店とマンション（近鉄不動産物件）になっている。
当駅は駅長が配置された直営駅であり、管理駅として東海道本線の野洲駅・守山駅・栗東駅・南草津駅と、草津線内のすべての中間駅を管理している。
草津駅プラットホーム
ホーム 路線 方向 行先 備考
1・2 ■草津線 - 貴生川・柘植方面 一部列車は5・6番のりば
3・4 ■琵琶湖線 下り 京都・大阪方面 草津線からの直通は2番のりば
5・6 ■琵琶湖線 上り 米原・長浜方面
通常は上表のように使い分けられるが、例外として、草津線と琵琶湖線を直通する列車については、下り草津線から京都方面は草津線2番のりば、上り京都駅から草津線方面は琵琶湖線6番のりばを使用する。このほか、草津線の5時台の始発列車も琵琶湖線5番のりばから発車する。
琵琶湖線の京都・大阪方面の下り列車（草津線からの直通を除く）は、当駅から先で内側線・外側線のどちらを通るかにかかわらず、原則として特急と新快速は3番のりば、普通は4番のりばを使用する（ただし当駅始発列車は例外）。また米原・長浜方面の上り列車は一部を除き、内側線を経由した列車が5番のりば、外側線を経由してきた列車が6番のりばを使用する。
琵琶湖線ホームには終日、駅係員が常駐し旅客の整理及び客扱終了合図を行っている。
1番のりばは行き止まり式で、草津線の到着・出発と東海道本線下り到着が可能。
駅の北側には4・5番線のみ出入り可能な留置線が2本あり、当駅折り返し列車が使用する。
駅南側に旧草津川の天井川トンネルがあるため、トンネルを越えた南側に内外転線の渡り線を持つ。
東海道本線下りは場内・出発と第二出発を、また上りは第一場内・第二場内と出発の各信号機を持つ。
草津線場内信号には1番線（2番のりば）の誘導信号機が併設されており、草津線列車を本線上り列車の後方へ連結することができる。
アーバンネットワーク運行管理システムの導入以前は、駅自動放送を用いず、全て駅係員の肉声で案内を行っていた。
草津駅南側にある踏切は「下笠道踏切」と呼ばれ、草津駅に西口がなかった頃から、草津市西部への連絡路として交通量が多く、開かずの踏切として知られていた。そのため自動化が遅れたが、草津駅のホーム下を抜ける自動車専用の地下道ができ、下笠道踏切は歩行者専用になって自動化された。その後歩行者専用の地下道が建設され、2007年4月6日に地下道が開通し、下笠道踏切は閉鎖された。
1889年（明治22年）
7月1日 - 官設鉄道の駅が開業（関ヶ原駅-馬場駅（現在の膳所駅）間の開通と同時）。客貨取扱を開始。
8月1日 - 構内での飲食物販売開始。
12月15日 - 関西鉄道 当駅 - 三雲駅間開通。
1895年（明治28年）4月1日 - 線路名称制定。東海道線（1909年より東海道本線）の所属となる。
1907年（明治40年）10月1日 - 関西鉄道が国有化される。
1909年（明治42年）10月12日 - 線路名称制定。旧・関西鉄道の柘植駅 - 草津駅間が草津線となる。
1956年（昭和31年）11月19日 - 東海道本線電化。
1967年（昭和42年）4月12日 - 橋上駅舎完成、供用開始。
1968年（昭和43年）4月10日 - 西口開設。
1970年（昭和45年）3月9日 - 当駅 - 京都駅間の複々線が完成。
1971年（昭和46年）4月26日 - 当駅発着となる新快速の運転開始。
1980年（昭和55年）1月24日 - 草津線電化工事完成。
1986年（昭和61年）11月1日 - 貨物取扱廃止。
1987年（昭和62年）
3月31日 - 貨物取扱再開。ただし以降の貨物取扱実績は無い。
4月1日 - 国鉄分割民営化により、西日本旅客鉄道（JR西日本）・日本貨物鉄道（JR貨物）の駅となる。
2003年（平成15年）11月1日 - ICカードICOCA供用開始。
電報略号 クサ
駅構造 地上駅（橋上駅）
ホーム 3面6線
乗車人員
-統計年度- 27,435人/日（降車客含まず）
-2011年-
開業年月日 1889年（明治22年）7月1日
備考 直営駅（管理駅）
みどりの窓口 有
* 当駅から東海道本線（南草津・大阪方）は複々線。