南島原駅は、長崎県最東端の駅で長崎県島原市津町にある、島原鉄道島原鉄道線の駅です。長崎県島原市の中心街から南へ約１．５キロ、駅の周辺には住宅や商店が多い。国道に出た所に島鉄バスの湊広馬場停留所があります。口之津・加津佐方面の乗り場前には温泉が湧き出ています。
なぜ市中心部から離れた場所まで一気に鉄道を通す必要があったのか。それは、この場所が島原の玄関口の役割を果たしていたからで徒歩数分の場所に江戸時代からの歴史を持つ港があり、鉄路と海路をつなぐ必要性と必然性があったとのことです。
急行の設定は2008年（平成20年）3月31日までは諫早駅から南島原駅までであったが、翌日のダイヤ改正時から増発されたため、隣の島原外港駅（終点）まで設定されている。島原鉄道本来の開業区間は南島原駅までで、南島原駅以南は口之津鉄道として開業し、通称「南目線」と呼ばれていました。
湊新地駅（みなとしんちえき）として開業、湊新地駅は開業数年後に島原湊駅に改称。福岡県の三池港や熊本県の三角港などと結ぶ旅客船と鉄道の乗り換え客などで駅周辺は大いににぎわいました。しかし旅客船の大型化に伴い、数百メートル南に新たに島原外港が５９年に完成すると、島原湊駅は玄関口の役割を失いました。島原外港駅が６０年に開業し、島原湊駅も南島原駅に改称、一気に寂れていきました。
単式1面、島式1面の計3線ホームの地上駅である。堂々とした水色の洋風木造駅舎ですが、実際に駅舎として使用されているのは向かって左側の一部分です。１９５０年ごろと２００２年に改装・改修が行われたが、外観は開業当時の姿を残しています。
車両基地が併設されており、南島原駅で折り返す列車が多いため、留置線を数本有し、夜間滞泊がある。一番留置線側のホームはあまり使われておらず、列車の留置に使われる事が多い。また、列車交換を行わない場合は上下とも駅舎側のホームに停車します。ホームは構内踏切で結ばれています。
駅舎内にはタグチ薬局南島原支店が入っている。待合室にはＦＲＰ製の椅子が並んでいます。2008年（平成20年）3月31日までは南島原駅で乗務員が交代していました。
本屋前の上下本線間に格納式の給油設備があります。島原外港駅 - 加津佐駅間の廃止以前は島原鉄道線の気動車は下り諫早発加津佐行きで運用後、折り返し上り列車となって南島原駅停車中に給油を受ける運用が組まれている例が多かった。このため上り列車の南島原駅停車時間が長く設定されていることが多く、乗客を乗せたまま給油作業が行われる光景が見られました。
島原外港駅 - 加津佐駅間が廃止される前は、一部列車は南島原駅で車両交換を行っていました。キハ20形使用の列車は同車の運用が原則的に諫早駅 - 南島原駅間に限られていた（夏休み・冬休みやゴールデンウィーク等を除く）ため、南島原駅で乗換えとなっていました。
1913年（大正2年）9月24日 - 湊新地駅（みなとしんちえき）として開業。
1920年（大正9年）頃 島原湊駅（しまばらみなとえき）に改称。
1922年（大正11年）4月22日 - 口之津鉄道により当駅 - 堂崎駅間が開業。
1957年（昭和32年）3月21日 - 貨物営業廃止。
1960年（昭和35年）11月5日 - 南島原駅に改称。
キロ程 42.3km（諫早起点）
駅構造 地上駅
ホーム 2面3線
乗降人員
-統計年度- 109人/日
-2005年度-（島原鉄道線内44駅中第27位）
開業年月日 1913年（大正2年）9月24日