ぜんざいの語源は主に2説ある。
1つは仏教用語である「善哉（ぜんざい・よきかな）」を由来とする説である。一休宗純が最初に食べたとされ、この食べ物の美味しさに「善哉」と叫んだ事から名称とされた。「善哉」とは仏が弟子を褒める時に使う言葉であり、サンスクリット語の素晴らしいを意味する「sadhu」の漢訳である。
もう1つは、出雲地方の神事「神在祭」で振る舞われた「神在餅」を由来とする説である。「神在餅」の「じんざい」が訛り、「ぜんざい」へと変化したと言われている。
出雲國に神在もちいと申事あり。京にてぜんざいもちいと申ハ。これを申あやまるにや。10月にハ日本國の諸神ミな出雲國にあつまり玉ふゆへに。神在と申なり。その祭に赤豆をにて汁をおほくし。すこし餅を入まいらせ節々まつり候を。神在もちい申よし。」（祇園物語より抜粋）
ぜんざい（善哉）は、豆（主に小豆）を砂糖で甘く煮た日本の食べ物である。
餅や白玉団子、栗の甘露煮などと共に供されることが多い。一般的には豆の原型が存在するものを指して用いられるが、例外もある。
関東地方では、汁気のない餡そのものをぜんざいと呼ぶが、関西地方では粒餡を用いた温かい汁物をぜんざいと呼ぶ 。汁気のない餡を用いたものは、関西では「亀山」や「小倉（おぐら）」と呼ばれる。
出雲地方では旧暦の10月に全国から神々が集まり、このとき出雲では「神在祭（かみありさい）」と呼ばれる神事が執り行われています。
そのお祭りの折に振る舞われたのが「神在（じんざい）餅」です。その「じんざい」が、出雲弁（ずーずー弁）で訛って「ずんざい」、さらには「ぜんざい」となって、京都に伝わったと言われています。
「ぜんざい」発祥の地は出雲であるということは、江戸初期の文献、「祇園物語」や「梅村載筆」（林羅山筆：儒学者）、「雲陽誌」にも記されています。
松江藩の地誌『雲陽誌（うんようし）』佐陀大社の項に「此祭日俚民白餅を小豆にて煮家ことに食これを神在餅といふ出雲の国にはしまる世間せんさい餅といふはあやまりなり」とあります。その他､いくつかの古文献にも「神在餅」についての記述があるところから当社は「ぜんざい発祥の地」であるといわれています。」と書かれており、実際に出雲地方の正月に食べる雑煮は小豆汁の雑煮であるなど小豆との関係が強い。神前に供えた餅自体が「善哉」であり、この餅を食べる為の小豆を使用した食事をも善哉と呼ぶようになったとする説。