和歌山駅は、和歌山県の県庁所在地である和歌山市のJR・和歌山電鐵側における玄関口であり、東西南北に路線が伸びるターミナル駅となっています。地元では同市内にある南海電鉄の和歌山市駅と区別するため、和歌山駅を「和駅」（わえき）、和歌山市駅を「市駅」（しえき）と通称で呼び分けている。阪和線は「ICOCA」の利用エリアに含まれているが、それ以外は対応していません。和歌山県和歌山市美園町五丁目にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）・和歌山電鐵の駅です。
JR西日本の各線と、和歌山電鐵の貴志川線が乗り入れています。JR西日本の路線は、紀勢本線・阪和線・和歌山線の3路線が乗り入れています。このうち紀勢本線を和歌山駅の所属線としており、阪和線と和歌山線は当駅が終点です。また紀勢本線は、和歌山駅からJR西日本管轄区間の東端である新宮駅までの区間に「きのくに線」の愛称が設定されています。また、大阪近郊区間の南限にあたり、阪和線と和歌山線が該当するが、紀勢本線は新宮方面、和歌山市方面ともに該当しない。和歌山市の玄関駅として、バスターミナルとタクシー乗り場がある。西口側には近鉄百貨店など商業中心地として発展しています。一方、東口側は建物の集積が少ないが、学習塾、予備校、専門学校などの教育施設が多いのが特色である。行政機関や金融機関が多く集まる和歌山城、本町周辺へはバスで約7分の距離があります。
5面8線（単式ホーム2面・島式ホーム3面）のホームを持つ地上駅で、各ホームは地下道や跨線橋で結ばれています。但し、貴志川線ホームは地下道のみで結ばれています。
すべての改札口に自動改札機が設置されており、貴志川線の乗り換え口にも簡易型の自動改札機が設置されています。なお、貴志川線との乗り換えには中間改札口を通る必要があります。
構内の紀三井寺方面には、留置線が2線とその南側の踏切を挟んだ所に1線ある他、貴志川線からJR線への渡り線があります（非電化単線）。貴志川線を除けば、当駅の構内案内放送はどのホームもすべて阪和線で使用されているものと同じものに統一されている（貴志川線は南海時代のものをそのまま使っている）。JRの駅としては駅長が配置された直営駅であり、管理駅として、紀勢本線の下津駅 - 紀和駅間の各駅、阪和線の紀伊駅・六十谷駅・紀伊中ノ島駅、和歌山線の紀伊小倉駅 - 田井ノ瀬駅間の各駅を管理しています。和歌山水了軒と阪和第一食堂の2業者が販売しています。民営化前から2業者が営業しており、近畿地方では珍しい例です。なお、阪和第一食堂はその名の通り阪和線ホーム（2・3番線ホーム）のみの営業です。
のりば 路線 行先 備考
JR 1 ■阪和線 天王寺・新大阪・京都方面 主に特急「くろしお」
JR2・3 日根野・鳳・天王寺・関西空港方面 普通・快速
JR4・5 ■きのくに線 御坊・紀伊田辺・白浜・新宮方面 特急はすべて4番線
■阪和線 日根野・鳳・天王寺・関西空港方面 快速の一部
JR7 ■和歌山線 粉河・橋本・五条方面
JR8 ■紀勢線 紀和・和歌山市方面
わかやま
電鉄
9 ■貴志川線 交通センター前・貴志方面
6番のりばは存在しません。かつては5・7番線の間にホームなしの線路として存在していたが、現在は撤去されて線路の番号が変更され、旧7番線が6番線、旧8番線が7番線となるも、そのまま7番線、8番線と案内されており、線路とホームの番号が相違しています。
貴志川線の乗り換えには中間改札を通る必要があります。
貴志川線からJR線に乗り換える場合、すでに乗車券類（ICOCAを含む）を所持している時は、自動改札機に乗車券類を通す。所持していない時は、中間改札で精算済証をもらってから（その時に貴志川線の切符は回収される）いったん外に出て切符を買い直すか、乗り換えた列車の車掌もしくは降車駅で精算済証を渡した上で乗車券を購入する必要があります。
逆に、JR線から貴志川線に乗り換える場合で乗車券類を所持していない時は、同じくいったん外に出て買い直すか、9番線入口にある窓口で和歌山駅までの乗車券類を提示の上買う。この場合、カード利用者を除いてホーム内の自動改札は使用できない。なお、貴志川線ではスルッとKANSAIカード、PiTaPaは使えません。
正式には紀勢本線の中間駅だが、運行系統としては、阪和線ときのくに線（新宮駅 - 和歌山駅間の愛称）で直通運転されており、和歌山駅 - 和歌山市駅間は区間運転（実質支線として切り離されている）のみである。よって、和歌山市方面と御坊・新宮方面間の利用では当駅での乗り換えが必要である。他の各線についても、阪和線ときのくに線（御坊・新宮方面）を直通する一部の列車以外は当駅発着となっている。各線とも、特急「くろしお」や快速を含めてすべての列車が停車する。
日中は1番のりばに阪和線方面の特急、2・3番のりばに阪和線の紀州路快速・普通、4番のりばにきのくに線特急と阪和線の紀州路快速、5番のりばにきのくに線の普通が発着する。阪和線の「はんわライナー」はすべて5番のりばから発車していた。
2008年3月15日のダイヤ改正以降、紀州路快速のうち、きのくに線からの普通と接続をとる列車は、乗り換え利便性の観点もあり、4番のりばから発車するケースが多くなった。また、同時期に天王寺寄りで配線変更が行われ、和歌山線と紀勢本線の和歌山市方面は単線に変わっている。
また、2011年3月12日のダイヤ改正より、当駅 - 日根野駅間の快速・普通列車の本数が削減され、日中は従来の快速3、普通3本/hから「紀州路快速」のみの4本/hへ変更となった。これに伴い「紀州路快速」は当駅 - 日根野駅間は各駅停車に変更となり、大阪駅 - 和歌山駅間の標準所要時間は82分から90分に増加した。加えて新幹線接続の新大阪駅までは早朝の始発快速列車（B快速）を除き直通運転しておらず、前述の通り「紀州路快速」の所要時間も長いこともあり大阪方面へは特急「くろしお」の利用客も多い。
最初にできた和歌山市の玄関駅は、1898年に船戸仮駅との間を開業させた紀和鉄道が建設した和歌山駅（現在の紀和駅）です。しかしそのわずか5年後の1903年には紀ノ川駅から伸びてきた南海鉄道（現在の南海本線）が和歌山市駅を開業させる。和歌山市駅の方が大阪への便がよかったということもあり、こちらが新しい和歌山の玄関となりました。現在の和歌山駅は、1924年2月、国鉄紀勢西線の最初の開通区間として、和歌山駅（現在の紀和駅）から当駅を経て箕島駅までが開通したのと同時に東和歌山駅として開業しました。この時、山東軽便鉄道（現在の和歌山電鐵貴志川線）も従来の路線のうち秋月駅（現在の日前宮駅）から中ノ島駅までを廃止し、また秋月駅から和歌山駅まで路線を延ばしてこの駅に乗り入れたので、この駅は開業当初から2路線の接続駅でした。
1930年6月には、阪和電気鉄道（現在のJR阪和線）が和泉府中駅から阪和東和歌山駅（はんわひがしわかやまえき、東和歌山駅と同位置）までを開業させ、この駅は新しいターミナル駅としての性格を帯びていくようになる。阪和電気鉄道は1940年に南海鉄道に吸収合併されて同社の山手線となったので、阪和東和歌山駅は南海東和歌山駅と改称されました。この駅が国鉄のターミナル駅として重要性を高めたのは1944年でした。この年5月、南海鉄道山手線は国有化により国鉄阪和線となったため、南海東和歌山駅は国鉄の東和歌山駅に統合されたのです。このことによって大阪から和歌山市までが国鉄のみでつながることとなったため、和歌山市駅が南海本線のターミナルであるのに対して、この駅を国鉄のターミナルと呼ぶことができるほどにもなったのでした。
1959年には、三木里駅 - 新鹿駅間の開通をもって和歌山駅（現在の紀和駅）から当駅を経て亀山駅までが全通したため、この区間が紀勢本線となりました。また、和歌山鉄道（1931年に山東軽便鉄道から社名変更）は数度の合併を経て、1961年には南海電気鉄道の貴志川線になりました。
そして、1898年以来和歌山駅を名乗っていた現在の紀和駅が1968年2月1日に現名へ改称される。さらにこの駅についても同時変更による混乱を避けた1ヶ月後の3月1日に現在の名称たる和歌山駅に改称となります。これによって名実ともに和歌山市の玄関駅となったのです。
和歌山線は、かつて田井ノ瀬駅から和歌山駅を経由せず、そのまま紀伊中ノ島駅を経て和歌山駅（現在の紀和駅）に乗り入れていたが、1961年に開通した田井ノ瀬駅から当駅までの貨物支線を利用して1972年3月には全列車が当駅への乗り入れを果たし、正式に営業キロが設定されました（それ以前から紀勢本線箕島方面への直通列車を中心とした一部の旅客列車が乗り入れていたが、貨物線扱いで正式な営業キロがなかったため、運賃を紀伊中ノ島経由で計算していた。）。一方、田井ノ瀬駅から紀和駅までの線路は、1962年12月の貨物営業廃止（当時紀和駅はまだ和歌山駅を名乗っていた）を経て、1974年10月1日に廃止となっています。
その後、国鉄紀勢本線・阪和線・和歌山線は分割・民営化により西日本旅客鉄道（JR西日本）の路線となった。そして2006年には南海貴志川線が和歌山電鐵に継承され、現在に至っています。
