明治３１年開業の諫早駅は、諫早市の中心駅で、長崎県内で2番目に利用者が多い。当駅を経由する全列車が停車します。JR九州と島原鉄道の共同使用駅であるが、駅自体はJR九州が管轄。
JR九州の長崎本線と大村線、島原鉄道の島原鉄道線の計3路線が乗り入れています。大村線は諫早駅が終点、島原鉄道線は当駅が起点です。JR九州における当駅の所属線は長崎本線です。雲仙・島原方面への玄関口として、駅前からは各方面へのバスが発着しています。
大村線の列車は全てが長崎本線長崎駅まで乗り入れています。長崎本線の普通列車は長崎駅から当駅で折り返す列車も多いため、長崎駅方面に比べて肥前山口駅方面は本数が減少する。
JRにおいてワンマン運転の際は諫早駅で精算方法が変わり、諫早駅 - 長崎駅間は長与支線を含めて車内精算を行わない。長崎県諫早市永昌町にある、九州旅客鉄道（JR九州）・島原鉄道の駅です。
終日、多くの利用者で賑わっている駅です。特急列車の利用者は博多駅方面へ向かう方が多いが、浦上駅・長崎駅までの自由席特急券が300円なので朝夕の通勤・通学などでの利用があります。特に朝に運行される「かもめ1・3号」では、大村線からの乗換利用者も含めて利用者が多いこともあり、普通車指定席（1号は2号車、3号は1号車の一部）の空席に自由席特急券で乗車可能の特例が設けられているが、そこも含めて通路も埋まる。普通列車も通勤通学で非常に利用者が多い。
諫早駅発着の「2枚きっぷ・4枚きっぷ」は長崎駅へ向かうもの（4枚きっぷ自由席）しか存在しないため、佐世保や福岡市内などへは長崎発着のものを購入する必要がある（福岡市内の場合、大村・竹松発着のものも存在するが、4枚きっぷは長崎発着のものより高い）。
駅舎は昭和9年、当時の古い木造駅舎ですが平屋建てで天井の高い駅舎です。駅の東側に位置しており、西側へは地下道でつながっています。1934年（昭和9年）完成で、木造洋館のような外観を持つ。1990年代末期に外観の塗色が従来の緑色から茶色に塗り替えられたがそのほかの大きな変化は無い。軒の形が特徴的です。
自動券売機およびみどりの窓口のある直営駅。駅舎入って左側は、待合スペースになっています。その奥には「ミスタードーナツ」があります。ベンチも完備している。自動改札機が6機設置され、2010年3月24日より使用を開始しました（長崎県内では長崎駅に次いで2番目）。JRの券売機に並んで島原鉄道の券売機も設置されています。
3面5線のホームを有する地上駅。駅舎側のホームは駅舎側が改札口と0番のりば、反対側が1番のりば、その奥が2番のりば、一番奥が島式の3・4番のりばという順である。これらのほか、4番のりばの奥には側線が数本ある。分岐器なしのホームは下り（長崎行き）が1番のりば、上り（湯江・大村方面）が4番のりばです。
0番のりばは島原鉄道専用ホームであり、頭端式で架線が張られていない。2番のりばは民営化後に設置され、長さは他のホームより短く、5両分程度しかない。特急「かもめ」は当駅止まりの202号を除いて1番のりばまたは4番のりばに停車するが、快速「シーサイドライナー」は特急待避のために2番のりば（長崎行き）または3番のりば（長崎行き、佐世保行きとも）に入ることもあります。
各ホームは地下道によって連絡し、エレベーターが2009年3月頃から順次設置された。3・4番のりばには売店があります。
のりば
0 ■島原鉄道線 本諫早・島原・島原外港方面
1 ■JR長崎本線 （下り） 長崎方面
2・3 ■JR長崎本線 （下り） 長崎方面
（上り） 肥前山口・佐賀・鳥栖方面
■JR大村線 大村・ハウステンボス・早岐・佐世保方面
4 ■JR長崎本線 （上り） 肥前山口・佐賀・鳥栖・博多方面
■JR大村線 大村・ハウステンボス・早岐・佐世保方面
0番（島鉄）乗り場は一時期JRから分断されていたが、2003年4月1日から島鉄の改札業務がJRに委託され、JR乗り場と統合されました（中間改札なし。ホームを仕切る金網製のフェンスは存置されている）。降車する時は、ワンマン運転時は車内、車掌乗務時は0番ホーム上で精算の上、島鉄の乗務員より渡された出場証（諫早駅自動改札機非対応）を改札口で渡して出場する。0番乗り場脇には、JR線用の自動券売機が1台設置されている。自動放送導入駅。
島原鉄道とJRの渡り線について島原鉄道線は諫早駅0番ホームから数百メートルJR線と並走した後、左右に分かれるが、その並走区間の途中には、国鉄時代に島原鉄道の列車が国鉄へ乗り入れていた名残としてJR線から島原鉄道に接続する渡り線があります。この渡り線を使用して急行が長崎・佐世保・小倉まで乗り入れていた。直通列車の廃止により一度撤去されたが、雲仙普賢岳の噴火に伴い再び接続されました。
1898年（明治31年）11月27日 - 九州鉄道長崎線の駅として開業。
1907年（明治40年）7月1日 - 九州鉄道が国有化される。
1909年（明治42年）10月12日 - 線路名称制定により、長崎本線の駅となる。
1911年（明治44年）8月21日 - 島原鉄道の諫早 - 本諫早間が開業。長崎本線と島原鉄道の駅となる。
1934年（昭和9年）3月24日 - 有明西線の諫早 - 湯江間が開業。長崎本線・有明西線と島原鉄道の駅となる。
12月1日 - 有明東線と有明西線が繋がった事により、有明ルートが長崎本線となる。これに伴い、早岐 - 諫早間が大村線として分離され、長崎本線・大村線と島原鉄道の駅となる。
1987年（昭和62年）4月1日 - 国鉄分割民営化に伴い、長崎本線・大村線は九州旅客鉄道に継承。九州旅客鉄道と島原鉄道の駅となる。
2010年（平成22年）3月24日 - 自動改札機を設置。
電報略号 イハ
駅構造 地上駅
ホーム 3面5線
乗車人員
-統計年度- （JR九州）5,495人/日（降車客含まず）
-2009年-
開業年月日 1898年（明治31年）11月27日
乗入路線 3 路線
所属路線 ■長崎本線
キロ程 100.4km（鳥栖起点）
◄東諫早 (2.6km)(2.8km) 西諫早►
所属路線 ■大村線
キロ程 47.6km（早岐起点）
◄岩松 (7.6km)
所属路線 ■島原鉄道線
キロ程 0.0km（諫早起点）
(1.5km) 本諫早►
備考 共同使用駅（JR九州の管轄駅）
直営駅
みどりの窓口 有
