能登川駅は旧能登川町の代表駅で滋賀県東近江市林町にある、西日本旅客鉄道（JR西日本）東海道本線の駅です。「琵琶湖線」の愛称区間に含まれています。
市町村合併により東近江市内で唯一のJRの駅となり、東近江市内の駅で最も乗車人員が多い。ただし、市の代表駅は近江鉄道の八日市駅です。ラッシュ時を除き、日中時間帯は1時間あたり4本が停車致します。
当初、この駅は現在の位置より1kmほど京都寄りの能登川村（現在の東近江市能登川町）に開設される予定で、駅名も村名から「能登川」と決まりました。しかし、能登川村付近は軟弱な地質であることが計画段階で分かったため、位置が変更されることになりました。その際、八幡村大字垣見（現在の東近江市垣見町）の地主が土地の無償提供を申し出たため、八幡村大字垣見と五峰村大字林（現在の東近江市林町）の境界に跨る現在の位置に駅の開設が決まりました。しかし、駅名を巡って五峰村と八幡村で争いが起こることを避けるため、当初の予定地であり、当時琵琶湖につながる港町として比較的知名度の高かった「能登川」がそのまま駅名に採用されました。
元は桑畑が広がる土地であったが、能登川駅前は周辺地域の玄関口・中心市街地・商店街として発展し、「能登川」は本来の能登川村よりも能登川駅周辺の地域名として浸透。1942年に五峰村・八幡村・能登川村を含む周辺5村が合併した際、駅名から「能登川町」と命名され、駅名と自治体名が一致することとなりました。
東口周辺は戦前から続く商店街であり、再開発も一部に留まっているため、ロータリーや道幅は狭い。現在の西口周辺にはかつて日清紡の工場が建っていたが、2001年の工場閉鎖後、西口の新設とともに再開発や宅地開発が進められている。駅周辺には様々な形で水車を見ることが出来ます。
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、計2面3線のホームを持つ地上駅で橋上駅舎を有する。2003年に改築された駅舎は、旧・能登川町のシンボル、水車をモチーフとしたものになっています。自由通路は大きな窓と高い天井でモダンで明るい感じです。
水車が有名な能登川だが、かつては駅のプラットホームに給水塔があり、蒸気機関車の給水駅でした。
直営駅（彦根駅の被管理駅）。ICOCAが利用可能。
みどりの窓口は2012年3月31日をもって閉鎖され、みどりの券売機プラス（5:30 - 23:00）が導入された。ただし、彦根、近江八幡に続きみどりの窓口が設置された歴史があり、新快速停車駅でもあるため、みどりの窓口を残す隣接駅の稲枝駅や安土駅（両駅ともみどりの券売機やみどりの券売機プラス未設置駅）よりも利用者は必然的に多く、利用者減による窓口の閉鎖ではありません。また、みどりの券売機プラスの琵琶湖線内初の導入駅となりました。（「JRおでかけネット」や時刻表の案内では、みどりの窓口の設置駅として表示されています。 「エクスプレス予約」や「5489サービス」による切符の受け取りが可能。
能登川駅プラットホーム
ホーム 路線 方向 行先 備考
1 ■琵琶湖線 下り 草津・京都・大阪方面
2・3 ■琵琶湖線 上り 米原・長浜・大垣方面 3番のりばは待避用
線路の構成は
1番線（1番のりば、下り本線）
2番線（ホームなし、下り待避線）
3番線（2番のりば、上り本線）
4番線（3番のりば、上り待避線）
となっている。上り向きは緩急接続ができる構造で、3番のりばでは平日は10時台、休日は8時台に新快速との緩急接続を行う普通電車が存在する。通常の上り列車の停車には2番のりばが使われる。
1889年（明治22年）7月1日に米原、彦根、八幡（現 近江八幡）、草津と同時に開業した歴史を持ち、日本旅行協会発行『汽車時間表』（昭和9年12月号）を見ると、2等寝台車と食堂車を連結した東京発大阪行37列車の停車駅だった。この列車の名古屋からの停車駅は、尾張一ノ宮、岐阜、大垣、米原、彦根、能登川、近江八幡、草津、大津、京都、大阪のみで、後の準急や急行並みの停車駅だった。
1889年（明治22年）7月1日 - 官設鉄道の駅として開業（関ヶ原駅-馬場駅（現在の膳所駅）間延伸と同時）。客貨取扱を開始。
1895年（明治28年）4月1日 - 線路名称制定が行われ、東海道線（1909年より東海道本線）の所属となる。
1935年（昭和10年） - 旧駅舎完成。
1946年（昭和21年） - 跨線橋完成。
1972年（昭和47年）3月15日 - 貨物取扱が廃止。
1986年（昭和61年）11月1日 - 新快速の通過運転区間が彦根まで延長され、近江八幡駅とともに停車駅になる。
1987年（昭和62年）4月1日 - 国鉄分割民営化により、西日本旅客鉄道（JR西日本）の駅となる。
1998年（平成10年）4月7日 - 自動改札機「Jスルー」を導入（Jスルーカード自体は2009年3月1日で改札機・精算機での利用が停止された）。
2002年（平成14年）3月3日 - 新駅舎建設に伴い仮駅舎の使用開始。
2003年（平成15年）
3月15日 - 橋上駅化。
11月1日 - ICカードICOCA供用開始。
2012年（平成24年）4月1日 - みどりの窓口を閉鎖し、琵琶湖線初のみどりの券売機プラスを導入。
電報略号 ノト
駅構造 地上駅（橋上駅）
ホーム 2面3線
乗車人員
-統計年度- 7,243人/日（降車客含まず）
-2011年-
開業年月日 1889年（明治22年）7月1日
備考 直営駅
みどりの券売機プラス設置駅
