コキ100系貨車は、日本貨物鉄道（JR貨物）が1987年（昭和62年）度から製作する貨車（コンテナ車）です。
コンテナ輸送の競争力を向上するため、速度や輸送力向上の対策は日本国有鉄道（国鉄）末期から進められてきた。輸送体系の主幹をなす主要拠点間の輸送においては、輸送効率に難があり高速走行ができないコキ5500形（最高速度 85 km/h）や、100 km/hで走行可能なものの輸送効率と整備性に難のあるコキ10000系に代わり、コキ50000形（最高速度 95 km/h）やその改造車で対応されてきたが、生活関連物資輸送などの特に速達性の要請が強い分野でトラック輸送に対抗することと、将来想定される輸送分野に対応できるよう、高速走行と汎用的な積載能力を兼ね備えた新型車両の開発が1987年（昭和62年）の国鉄分割民営化直後から開始され、同年に製作されたコキ100形の試作車4両（1 - 4）が各種試験に供された。
この成果を基に1988年（昭和63年）から量産された車両が、本系列の嚆矢となるコキ100形・コキ101形である。海上コンテナ輸送のための低床車体、拠点間輸送に適応した4両ユニット方式、コストを抑えるためユニット単位での集中搭載とした電磁ブレーキ装置などの新機軸が盛り込まれた。
1988年3月のダイヤ改正で設定された最高速度 110 km/h のコンテナ列車「スーパーライナー」に暫定使用されていたコキ50000形350000番代を置き換えたほか、拠点間の主要列車に重点的に投入された。
本系列はその後、従来のコンテナ車置き換えや、海上コンテナ輸送への対応など輸送の実態に合わせた仕様の変更を重ね、複数の派生形式が開発され、製作が続いている。現在までに総数は4000両を超え、コキ50000系とともに広汎に使用されている。
製造メーカーは川崎重工業、日本車輌製造の2社であるが、試作車の1両（コキ100-2）のみは、JR貨物新小岩車両所で製作されている。
台枠は従来のコンテナ車と同様な魚腹形側梁であるが、海上コンテナなどで一般的な高さ 8 ft 6 in のコンテナを積載できるよう床面高さを従来車より 100 mm 下げ、1,000 mm とした。このため台車周辺の台枠寸法が変更されている。車体長はコキ50000系と同一の 19,600 mm を基本とする。
車体の一端に手すりとデッキ、昇降用ステップを有する。「突放禁止」扱いとされたため手ブレーキは留置専用とされ、操作ハンドルは側梁側面に移設された。外部塗色はコンテナブルー（明るい青）、台車は灰色である。ユニットで運用される形式の中間車は手すりとデッキを廃止し、車体長が短くなったものもある。
台枠上のコンテナ緊締装置は 5 t コンテナ (10 ft , 12 ft) 用を左右5組、 20 ft コンテナ用を左右3組装備するほか、着脱式のインターボックスコネクタ（IBC、海上コンテナ用緊締装置）により各種の海上コンテナを積載できる構造である。荷重は 40.5 t で設計され、総重量 20 t の海上コンテナを2個積載可能とした。
台車はコキ50000形のTR223形を基に開発されたFT1系列である。枕バネ配列の変更や左右動ダンパの取付、軸受の軸ゴム追加などが施された。
ブレーキ装置はコキ10000系と同様な CLE 方式（応荷重装置付電磁自動空気ブレーキ）を装備する。ただし、ユニットで運用される形式では電磁弁をユニット中の一部車両のみに搭載し、ここからユニット内他車の CL 方式（応荷重装置付自動空気ブレーキ）ブレーキ装置を集中制御する。最高速度は 110 km/h である。
コキ106形
海上コンテナの積載に適応する車両として開発された汎用コンテナ車である。1997年（平成9年）から2007年（平成19年）までに1162両 (1 - 1162) が製作[1]されている。外部塗色は当初コンテナブルーで落成したが、製作途中から灰色に変更され、初期車も全般検査の機会に灰色へ変更された。
従来のコキ100系では海上コンテナ積載に着脱式の IBC を使用したが、着脱の煩雑さを解消するため 20 ft 海上コンテナの積載位置を JR 20 ft コンテナと同一とし、さらに総重量 24 t の海上コンテナも1個を積載できる構造とした。このため、荷重増の必要をも考慮して台枠強度が見直され、台枠形状は従来型から大幅に変更された。荷重は 40.7 t である。
積載設備は 20 ft ・ 40 ft コンテナ用緊締装置をツイストロック式に変更している。台車は軸箱支持を軸ゴム+シェブロンゴムとした FT2 形とされた。ブレーキ装置は電磁弁をもつ CLE 方式で、1両単位での運用ができる。
1999年（平成11年）製以降 (405 - ) は識別のため、当初から車体色を灰色として落成した。同年製の最初の2両 (405, 406) は、試験的に貨車用フラット防止装置を取り付けていた。電源の車軸発電機と一体化した滑走検知用の速度検出器を車軸に取り付けている。採取したデータは機器箱内部に設置した携帯電話によって随時送信できる構造になっている。
2003年（平成15年）度製以降 (601 - ) は、留置ブレーキ動作時に車側に表示板が突き出す「手ブレーキ緊解表示装置」が設置された。2004年（平成16年）度製以降 (713 - ) は、応荷重ブレーキ装置の測重機構を従来の油圧式からコキ200形同等の空圧式に変更した。