別府駅（べっぷえき）は、大分県別府市駅前町にある、九州旅客鉄道（JR九州）日豊本線の駅です。
日本一の湧出量を誇る別府温泉として全国的に知られる別府市の代表駅で全列車が停車する。特急「ゆふ」、「ゆふいんの森」、「九州横断特急」が当駅始発・終着で運転されています。
2003年・2004年に「ソニック」と「にちりん」の系統分割が行われた際、「にちりん」はほとんどの列車が当駅始発・終着となり、当駅は大分駅と共に「ソニック」と「にちりん」の接続駅として位置づけられたが、2009年以降「にちりん」は大分駅発着への変更が進み、2012年3月17日のダイヤ改正によって当駅始発・終着の「にちりん」の設定はなくなりました。
駅周辺は別府温泉を中心に数々の温泉施設があります。旅館やホテルなどの宿泊施設も多い。また、別府市の中心部で各行政機関等が集中する。
駅前には観光地別府と由布院の父、油屋熊八像の銅像のほか足湯ならぬ「手湯」があります。
島式ホーム2面4線と留置線2線を有する高架駅です。駅舎は伝統工芸の竹細工のかごをイメージです。留置線2線は2本の島式ホームの間に設置されており、主に当駅発着列車の留置に使用される（ただし、間合いの長い列車は亀川駅まで回送されることがある）。駅本屋は1966年（昭和41年）に高架化とともに完工した2代目のものである。数度のリニューアル工事が行われており、ここ最近では2005年（平成17年）4月に構内外と北側専門店街が改装され、現在の外観となっている。現ホーム完工時は日豊本線の無煙化前であり、また夜行列車も数多く運転されていたため、2013年までホームに洗面台や鏡が設置されていた。
2001年からしばらくの間、415系（2編成）が保留されていた。
直営駅で、みどりの窓口が設置されている。ただし、南改札口はJR九州子会社の別府ステーションセンターへの業務委託です。自動放送・楽チャリ設置駅です。中央口のみ自動改札機が導入されています。
ICカードSUGOCAの発売も行っています。また、各ホーム1か所ずつにICカードチャージ機とICカード専用自由席特急券売機が設置されている。また、2013年にはホームの嵩上げを伴う大規模改装が実施された。駅構内に別府外国人観光客案内所（ビジット・ジャパン案内所）があります。
のりば
1 ■特急「ソニック」 大分行（一部、佐伯行）
■特急「にちりん・にちりんシーガイア」 大分・延岡・宮崎方面
■日豊本線 大分・臼杵・佐伯方面
2 ■特急「ゆふいんの森」 由布院・日田・博多方面
■日豊本線（特急待避する列車） 大分・臼杵・佐伯方面
3 ■特急「九州横断特急」 豊後竹田・熊本・人吉方面
■特急「ゆふ」 由布院・日田・博多方面
■日豊本線（特急待避する列車） 杵築・柳ヶ浦方面
4 ■特急「ソニック」「にちりん・にちりんシーガイア」 小倉・博多方面
■日豊本線 杵築・柳ヶ浦・中津方面
上下線の間には留置線も設置されています。
駅内高架下中央改札横に観光案内所がある。また商業施設としては、南側に南名店街「BIS南館（核店舗: マルミヤストア別府駅店・明林堂書店JR別府駅店）」「別府駅市場」、北側に北名店街「B-Passage（核店舗: ヤマダ電機別府駅前店）」という商店街があり、食料品店や衣料品店の他に土産物屋やペット温泉なども存在する。なお南名店街については、南改札口と直結している他に構内と接続する通路がないため、中央改札付近から南名店街へ移動する際には一度駅コンコースから構外に出る必要がある。また、ヤマダ電機別府駅前店は別府駅に隣接する別の建物である。B-Passage内にはファミリーマートもあり、24時間利用出来る。
商業床のB-Passage、北名店街、BIS南館専門店街、駅市場商店街、駅ビル駐車場などはJR九州の子会社で亀の井バス等も出資する「別府ステーションセンター」が管理・運営をしており（北駅ビル（ヤマダ電機、駐車場、駐輪場が入居）のみJR九州の直接管理）、1967年（昭和42年）の開業時には「日本一の高架下商店街」とも言われていた。現在でも営業店舗数は100店以上、延べ売場面積は1万m²を超えており、近年は駐車場や駐輪場も増設・再整備されたため多くの買い物客で賑わう。
温泉街・オオムラサキ・鶴見岳をイメージしたイラストの描かれた駅名標と別に温泉マークの描かれた駅名標も設置されていなす。
1911年（明治44年）7月16日 - 鉄道院が開設。
1965年（昭和40年）9月25日 - 別府駅付近の一部が高架化。
1966年（昭和41年）8月9日 - 別府駅付近高架化工事完工。
1966年（昭和41年）9月15日 - 現駅舎開業。当時は別府民衆駅と呼ばれた。10月1日には別府ステーションセンターが開業。
1987年（昭和62年）4月1日 - 国鉄分割民営化により九州旅客鉄道が継承。
2005年（平成17年）2月25日 - 大規模リニューアル工事完成。
2010年（平成21年）3月13日 - 自動改札機が設置される。
2012年（平成24年）12月1日 - SUGOCA対応となる。
2013年（平成25年）4月 - ホームを全面改装、かさ上げ工事が実施される。
なお、1929年（昭和4年）から1956年（昭和31年）まで別府駅前から大分交通別大線別府駅前支線の路面電車が発着していた。
電報略号 ヘフ
駅構造 高架駅
ホーム 2面4線
乗車人員
-統計年度- 5,369人/日（降車客含まず）
-2011年-
開業年月日 1911年（明治44年）7月16日
備考 直営駅
みどりの窓口 有
