南阿蘇鉄道MT-3000形気動車は南阿蘇鉄道が保有する軽快気動車です。「おおるりしじみ」の愛称を持つ。
1993年(平成5年)に1両 (MT-3001) が、新潟鐵工所で製造され、旧国鉄キハ52形のMT-2105を置き換えた。NDCの第2世代にあたり、側面形状はNDC標準の2段窓であるが、全長はMT-2000形に比べて約1m長い17.1mとなっており、前面は大きくスラントした大型の窓を持つ非貫通の展望構造である。
同種のデザインは、高千穂鉄道TR300形や、秋田内陸縦貫鉄道AN-8900形に見ることができるが、本形式は両運転台式である。
片側2か所にある客用扉は幅850mmの引き戸で、運転席側には乗務員用扉が設置されている。
台車は空気ばねを装備したNP125DおよびNP125T1で、動力台車は2軸駆動である。走行用機関はDMF13HS(250PS/2000rpm)を1基搭載する。動力伝達方式は液体式である。
車内は、当初は中央部がボックスシート、乗降口付近はロングシートであったが、後に全てロングシートに改造された。改造前の定員は99人(座席55人、立席44人)としている。冷房装置は20600kcal/hの集中型を屋根上に搭載しており、暖房装置は機関冷却水を熱源とする5300kcal/hの温水温風式暖房機を8基客室内に設置している。また、運転席はワンマン運転対応となっており、足踏み式のデッドマン装置、整理券発行機、自動両替機付き運賃箱が設置されている。
南阿蘇鉄道株式会社は、熊本県で旧国鉄特定地方交通線の鉄道路線高森線を運営している南阿蘇村・高森町など沿線自治体が出資する第三セクター方式の鉄道会社である。本社所在地は熊本県阿蘇郡高森町大字高森1537-2。
高森線には駅名が日本一長い「南阿蘇水の生まれる里白水高原駅」がある。