肥後大津駅（ひごおおづえき）は熊本都市圏東端、熊本県菊池郡大津町大字室にある九州旅客鉄道（JR九州）豊肥本線の駅です。
熊本駅からの電化は当駅までで、普通列車の多くは当駅で折り返し大分方面にはディーゼルカーへの乗り換えとなります。かつては、特急「有明」が当駅まで1日1往復乗入れていた。駅の裏手は国道５７号線のバイパス沿いに開発が進んでおり、周囲は賑やかです。
昔、加藤清正がこの地方を参勤交代で滋賀県の大津の港に向かう際の最初の宿場町として「大津一の宿」と命名したことから、隣の瀬田駅の同名駅と同じ東海道本線（琵琶湖線）にある大津駅との混同を防ぐため旧国名の「肥後」を冠して駅名とした。ただし滋賀県の大津は「おおつ」、当駅は「おおづ」です。
駅北側は官公庁等がある大津町の中心市街地、南側は田畑と住宅が混在しているが、国道57号大津バイパス沿いに新たな商業施設等が立ち並び発展し続けている。
単式ホーム1面1線と島式ホーム1面2線、合計2面3線のホームを持つ地上駅。黒を基調とした大きな木造駅舎（北口）。南口の駅舎はモダンな鉄筋コンクリート。互いのホームは構内踏切で連絡しています。
北口と南口があり、北口はJR九州鉄道営業、南口は大津町シルバー人材センターが駅業務を行う業務委託駅である。
2012年12月1日よりSUGOCAが利用可能となったが、当駅に自動改札機の設置は行われず、ICの読み取り機のみ設置している。大分方面へは中判田駅まで通常利用できないが、最短経路で計算されるため途中下車せず通過することは可能。切符売場にはタッチパネル式の券売機が1台あり、みどりの窓口は北口に設置されています。
北口待合室にはＦＲＰ製など複数の形の椅子が混在しています。北口・南口相互間は駅係員へ申告し通行券を授受することで通行可能となっています。
のりば
1・2・3 ■豊肥本線 （上り） 水前寺・熊本方面
（下り） 阿蘇・大分方面
熊本空港に比較的近い位置にあるため、当駅から分岐して新線を敷設し熊本空港へ乗入れようとする計画があった。2006年2月に熊本県が発表した計画では光の森駅あるいは三里木駅からの分岐という形になり、特に三里木駅からの分岐が最有力視されていたが、計画は頓挫。
2011年10月に「駅南口及び駅前広場」が供用開始された。なお、南口供用開始に併せ熊本県はタクシー会社3社への委託により、当駅・熊本空港間を結ぶ無料の空港ライナー（ジャンボタクシー及び小型タクシーの乗合い）による利用客の輸送を、試験運行として実施している。
1914年（大正3年）6月21日 - 鉄道院が開設。
1987年（昭和62年）4月1日 - 国鉄分割民営化により九州旅客鉄道が継承。
2011年（平成23年）3月12日 - 特急「有明」の豊肥本線乗り入れ廃止により、当駅を発着する特急がなくなる。また同日に当駅発着の快速列車が新設される。
2011年（平成23年）10月1日 - 駅南口が開設。
2012年（平成24年）12月1日 - 交通系ICカードSUGOCA導入。なお、当駅以東（阿蘇方面）は竹中駅まで非対応である。
電報略号 オツ
駅構造 地上駅
ホーム 2面3線
乗降人員
-統計年度- 3,862人/日
-2010年-
開業年月日 1914年（大正3年）6月21日
備考 業務委託駅
みどりの窓口 有